作者：李誉辉
四川大学在读研究生
往期连载：R_ggplot2基础（一）
5 stat_xxx()统计变换
相比几何对象，增加了：
统计变换函数描述其它
stat_bin直方图分割数据，然后绘制直方图
stat_function函数曲线增加函数曲线图
stat_qqQ-Q图
stat_smooth平滑曲线
stat_ellipse椭圆常用于椭圆形置信区间，带状置信区间用geom_ribbon
stat_spoke绘制有方向的数据点
stat_sum绘制不重复的取值之和
stat_summary分组汇总可以求每组的均值，中位数等
stat_unique绘制不同的数据，去掉重复值
stat_ecdf经验累计密度图
stat_xsline样条曲线拟合见基础运算_3
查询其它的统计变换函数：
ggplot2 parts of the tidyverse
使用ls(pattern = '^stat_', env = as.environment('package:ggplot2'))
library(ggplot2)
ls(pattern = "^stat_", env = as.environment("package:ggplot2"))重要例子：
5.1 stat_summary
要求数据源的y能够被分组，每组不止一个元素, 或增加一个分组映射，即aes(x= , y = , group = )
stat_summary (mapping = NULL, data = NULL, geom = "pointrange", position = "identity",
..., fun.data = NULL, fun.y = NULL, fun.ymax = NULL, fun.ymin = NULL,
fun.args = list(), na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) 参数解释：
* fun.data 表示指定完整的汇总函数，输入数字向量，输出数据框，常见4种:smean.cl.boot,smean.cl.normal,smean.sdl,smedian.hilow。 更多
* fun.y 表示指定对y的汇总函数，同样是输入数字向量，返回单个数字，这里的y通常会被分组，汇总后是每组返回1个数字
* fun.ymin 表示取y的最小值，输入数字向量，每组返回1个数字
* fun.ymax 表示取y的最大值，输入数字向量，每组返回1个数字
library(ggplot2)
library(Hmisc)
g <- ggplot(mtcars, aes(cyl, mpg)) + geom_point()
g + stat_summary(fun.data = "mean_cl_boot", color = "red", size = 2) # 用mean_cl_bool对mpg进行运算，返回均值，最大值，最小值3个向量组成的矩阵
g + stat_summary(fun.y = "median", color = "red", size = 2, geom = "point") # 计算各组中位数
g + stat_summary(fun.y = "mean", color = "red", size = 2, geom = "point") # 计算各组均值
g + aes(color = factor(vs)) + stat_summary(fun.y = mean, geom = "line") # 增加1组颜色变量映射，然后求均值并连线
g + stat_summary(fun.y = mean, fun.ymin = min, fun.ymax = max, color = "red") # 计算各组均值，最值
# stat_summary_bin
g1 <- ggplot(diamonds, aes(cut))
g1 + geom_bar() # 条形图 ，只有1个映射的时候默认为计数
g1 + stat_summary_bin(aes(y = price), fun.y = "mean", geom = "bar") # 分组计算均值
# stat_sum_df用矩形将最值与均值框起来
stat_sum_df <- function(fun, geom = "crossbar", ...) {
stat_summary(fun.data = fun, color = "red", geom = geom, width = 0.2, ...)
}
g2 <- ggplot(mtcars, aes(cyl, mpg)) + geom_point()
g2 + stat_sum_df("mean_cl_boot", mapping = aes(group = cyl)) # 增加1个分组映射
g2 + stat_sum_df("mean_sdl", mapping = aes(group = cyl))
g2 + stat_sum_df("mean_sdl", fun.args = list(mult = 1), mapping = aes(group = cyl))
g2 + stat_sum_df("median_hilow", mapping = aes(group = cyl))
5.2 stat_function
需要2个映射变量aes(group = , y = )
stat_function(mapping = NULL, data = NULL, geom = "path", position = "identity",
..., fun, xlim = NULL, n = 101, args = list(), na.rm = FALSE,
show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) 参数解释：
* fun 表示要绘图的函数表达式
* xlim 表示要显示的x范围
* n 表示要差值的点数目
* args 表示其它要传递给fun的参数
library(ggplot2)
set.seed(1492)
df <- data.frame(
x = rnorm(100)
)
x <- df$x
base <- ggplot(df, aes(x)) + geom_density() # 核密度图，展示变量分布规律，与频率分布直方图原理相同
base + stat_function(fun = dnorm, color = "red") # dnorm表示正态分布密度函数
base + stat_function(fun = dnorm, colour = "red", args = list(mean = 3)) # args传参给fun，生成均值为3的正态分布密度图
ggplot(data.frame(x = c(0, 2)), aes(x)) +
stat_function(fun = exp, geom = "line") # 画e^x在(0, 2)区间的函数图形，数据点由插值产生
ggplot(data.frame(x = c(-5, 5)), aes(x)) +
stat_function(fun = dnorm) # 画在区间(-5, 5)区间的正态分布密度图，数据点由插值产生
ggplot(data.frame(x = c(-5, 5)), aes(x)) +
stat_function(fun = dnorm, args = list(mean = 2, sd = .5)) # 画均值为2，标准差为0.5的正态分布密度图
f <- ggplot(data.frame(x = c(0, 10)), aes(x))
f + stat_function(fun = sin, color = "red") + # 绘制(0, 10)区间的正弦函数图形
stat_function(fun = cos, color = "blue") # 绘制(0, 10)区间的余弦函数图形
myfunction <- function(x) {x^2 + x + 20}
f + stat_function(fun = myfunction) # 画自定义函数图像
fun1 <- function(x) {0.5 * x}
fun2 <- function(x) {x / (x +1)}
fun3 <- function(x) {0.5 * x - x*(x + 1)}
ggplot(data.frame(x = -5:5), aes(x)) + stat_function(fun = fun1, color = "red") +
stat_function(fun = fun2, color = "blue") +
stat_function(fun = fun3, color = "yellow", size = 4)
5.3 stat_smooth
stat_smooth (mapping = NULL, data = NULL, geom = "smooth", position = "identity",
..., method = "auto", formula = y ~ x, se = TRUE, n = 80,
span = 0.75, fullrange = FALSE, level = 0.95, method.args = list(),
na.rm = FALSE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE) 参数解释：
* method 表示指定平滑曲线的统计函数，如lm线性回归, glm广义线性回归, loess多项式回归, gam广义相加模型(mgcv包), rlm稳健回归(MASS包)
* formula 表示指定平滑曲线的方程，如 y~x, y~poly(x, 2), y~log(2) ，需要与method参数搭配使用
* se 表示是否显示平滑曲线的置信区间，默认TRUE显示
* n 表示产生平滑点的基点数
* span 表示多项式回归中的段数，段数越多约平滑
* level 表示置信区间水平
library(ggplot2)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point() + geom_smooth() + stat_smooth(method = lm,
se = FALSE) # 不显示置信区间
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point() + geom_smooth(method = lm, formula = y ~
splines::bs(x, 3), se = FALSE)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy, color = class)) + geom_point() + geom_smooth(se = FALSE,
method = lm)
ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point() + geom_smooth(span = 0.8) + geom_smooth(method = loess,
formula = y ~ x) + facet_wrap(~drv)
6 coor_xxx()坐标系变换
ggplot2默认为cartesian笛卡尔坐标系，其它坐标系都是通过笛卡尔坐标系画图，然后变换过来的，坐标函数如下：
坐标变换函数描述
coord_cartesian()笛卡尔坐标系
coord_fixed()固定纵横比笛卡尔坐标系
coord_flip()翻转坐标系
coord_polar()极坐标投影坐标系
coord_map(), coord_quickmap()地图投影(球面投影)
coord_trans()变比例笛卡尔坐标系
6.1 coord_cartesian()笛卡尔坐标系
注： 默认为笛卡尔坐标系，以下参数几乎用不上，可略过coord_cartesian(xlim = NULL, ylim = NULL, expand = TRUE, default = FALSE, clip = "on")
参数解释:
* xlim, ylim 表示设定x轴和y轴的绘图范围，如果同时设定clip=“off”则表示将不绘制在范围外的数据点，通常不进行设置，
而是后期从标度中更改显示范围
* expand 表示是否将扩展xlim和ylim，默认扩展以绘制可能出现在绘图范围以外的数据
* default 表示是否更改默认坐标系，默认FALSE不更改，TRUE则会变成另一个坐标系
6.2 coord_fixed()修改纵横比坐标系
coord_cartesian()为纵横比没有固定的坐标系，表示纵轴和横轴的相对单位长度没有固定，
增加数据，则原图形的比例会变，背景都是正方形格子
而coord_fixed()坐标系纵横比可以设置固定，纵横比可以用参数ratio自定义，背景为矩形格子，
固定纵横比后，无论什么图形，其比例都是一样的，常用于横轴，纵轴都是数字的情况
语法：coord_fixed(ratio = 1, xlim = NULL, ylim = NULL, expand = TRUE, clip = "on")
参数ratio表示指定纵横比，默认为1表示固定纵横比为1， 纵横比越大，则同样尺寸，其纵轴视觉长度越长
library(ggplot2)
p <- ggplot(mtcars, aes(mpg, wt)) + geom_point()
p + coord_fixed(ratio = 1) # 固定纵横比为1
p + coord_fixed(ratio = 5) # 固定纵横比为5，变高变窄
p + coord_fixed(ratio = 1/5) # 纵横比小于1，变矮变宽
p + coord_fixed(xlim = c(15, 30)) # 默认纵横比为1，设定x轴显示范围为15到30
6.3 coord_flip()翻转坐标系
翻转坐标系指翻转笛卡尔坐标的横轴和纵轴位置，翻转后柱形图变成条形图coord_flip(xlim = NULL, ylim = NULL, expand = TRUE, clip = "on") 内部参数与标准笛卡尔坐标系一样，不用介绍
翻转后横轴为y轴，纵轴为x轴
h <- ggplot(diamonds, aes(carat)) + geom_histogram()
h
h + coord_flip() # 翻转坐标系
6.4 coord_polar()极坐标投影
能将笛卡尔坐标， coord_polar(theta = "x", start = 0, direction = 1, clip = "on")
参数解释：
* theta 表示要极坐标化的中心轴，即该轴转化为圆周，另一个轴转化为半径
* direction 表示排列方向，direction=1表示顺时针，direction=-1表示逆时针
* start 表示起始角度，以距离12点针的弧度衡量,具体位置与direction参数有关，
若direction为1则在顺时针start角度处,若direction为-1则在逆时针start角度处
极坐标转化比较耗费计算机资源，最好先用rm(list = ls()); gc()清空内存
rm(list = ls())
gc() # 清空内存
library(ggplot2)
pie <- ggplot(mtcars, aes(x = factor(1), fill = factor(cyl))) + geom_bar(width = 1)
pie
pie + coord_polar(theta = "x") # x轴极化, x刻度值都一样，所以变成多层圆环，y轴刻度值对应圆环半径
pie + coord_polar(theta = "y") # y轴极化, y轴刻度值对应扇形弧度，x轴长度对应扇形半径
pie + coord_polar(theta = "y", start = pi/6, direction = 1) # 起始位置为距离12点针方向30度，顺时针排列
pie + coord_polar(theta = "y", start = pi/6, direction = -1) # 逆时针排列，起始位置与上面不一样
pie + coord_polar(theta = "y", start = -pi/6, direction = 1) # 起始位置与上面一样，但排列顺序不一样 
6.4.1 风玫瑰图(一种常见的极坐标图形)
rm(list = ls())
gc() # 清空内存
library(ggplot2)
set.seed(42)
small <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
ggplot(data = small) + geom_bar(aes(x = clarity, fill = cut)) + coord_polar() +
scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set2", direction = -1)
6.4.2 雷达图
ggplot2极坐标转化不能制作雷达图，可以用ggradar包，安装方法devtools::install_github("ricardo-bion/ggradar")
ggradar支持的数据形式与ggplot2有些区别，采用行分类，宽数据最好，好在雷达图的数据量都比较小
ggradar智能化程度非常高，导入适合的数据就能出图，后期美化可以慢慢来
rm(list = ls())
gc() # 清空内存
library(ggradar)
mydata <- matrix(runif(40, 0, 1), 5, 8) # 构造数据集，5行8列的矩阵
rownames(mydata) <- LETTERS[1:5] # 大写字母为矩阵行命名
colnames(mydata) <- c("Apple", "Google", "Facebook", "Amozon", "Tencent", "Alibaba",
"Baidu", "Twitter") # 矩阵列命名
mynewdata <- data.frame(mydata) # 将矩阵转化为数据框
Name <- c("USA", "CHN", "UK", "RUS", "JP")
mynewdata <- data.frame(Name, mynewdata) # 增加一列字符串数据
mynewdata
# 单序列：
ggradar(mynewdata[2, ]) # 以列名为变量，对第2行数据进行绘图，显示各个公司在中国的业务
# 多序列：
ggradar(mynewdata) # 对所有行同时作图 NameAppleGoogleFacebookAmozonTencentAlibabaBaidu
AUSA0.848293220.022227320.42147390.83510960.867568750.373834480.97939015
BCHN0.062746330.554093130.56491060.11107840.039423250.464965630.17047221
CUK0.819845090.719897600.15169080.26807010.339823510.046608190.04273437
DRUS0.539360290.235715230.19479240.79848100.309596100.987516200.14283236
EJP0.499020100.811879680.16678300.29892940.129453690.908452330.36058084
5 rows | 1-9 of 10 columns
6.5 coord_trans()变换笛卡尔坐标
原始的笛卡尔坐标上，坐标轴上的刻度比例尺是不变的，而coord_trans轴上刻度比例尺是变化的，
这种坐标系应用很少，但不是没用， 可以将曲线变成直线显示， 如果数据点在某个轴方向的密集程度是变化的，这样不便于观察，可以通过改变比例尺来调节，使数据点集中显示，更加方便观察
语法： coord_trans(x = "identity", y = "identity", limx = NULL, limy = NULL, clip = "on", xtrans, ytrans)
参数解释：
* x,y 表示指定坐标轴比例尺变换的方式，默认identity不变化 *
library(ggplot2)
ggplot(diamonds, aes(log10(carat), log10(price))) +
geom_point() # 正常笛卡尔坐标系
# 通过设置坐标轴标度，使坐标轴比例尺渐变
ggplot(diamonds, aes(carat, price)) +
geom_point() +
scale_x_log10() + # 坐标轴刻度对数变换
scale_y_log10()
# 采用变换笛卡尔坐标轴，结果与上面一样
ggplot(diamonds, aes(carat, price)) +
geom_point() +
coord_trans(x = "log10", y = "log10")
# 线性拟合
d <- subset(diamonds, carat > 0.5)
ggplot(d, aes(carat, price)) +
geom_point() +
geom_smooth(method = "lm") +
coord_trans(x = "log10", y = "log10") # lm线性拟合结果为直线，但变换坐标轴后变成了曲线
ggplot(d, aes(carat, price)) +
geom_point() +
geom_smooth(method = "lm") +
scale_x_log10() +
scale_y_log10() # 通过调整标度的方式，仍然为直线,点的位置并没有发生改变
df <- data.frame(a = abs(rnorm(26)),letters)
plot <- ggplot(df,aes(a,letters)) + geom_point()
plot + coord_trans(x = "log10") # 对x坐标轴比例尺对数运算
plot + coord_trans(x = "sqrt") # 对x轴坐标轴比例尺开方运算
6.6 coord_map()球面投影坐标系
地图投影需要特殊的数据源和很多扩展包，会在其它章节单独演示
往期回顾●R_插值_拟合_回归_样条●R_circlize包_和弦图（一）●R_circlize包_和弦图（二）
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