基于ggplot2的网络可视化（1）

作者简介

作者：吴健 中国科学院大学 R语言、统计学爱好者，尤其擅长R语言和Arcgis在生态领域的应用分享。

个人公众号：统计与编程语言 

本文介绍三种基于ggplot2包可视化网络数据的方法，以便于读者进一步掌握ggplot2的图形语法，并基于该语法可视化网络数据。

首先我们需要加载和安装相关的包。

安装包：

install.packages(“GGally”)

install.packages(“network”)

install.packages(“geomnet”)

install.packages(“ggnetwork”)

install.packages(“ggplot2”)

加载包：

library(ggplot2)

library(GGally)

library(geomnet)

library(ggnetwork)

library(“network”)

加载数据

data(blood, package='geomnet')#该数据主要展示了不同血型间是否可以捐献的网络结果

(1)基于ggnet2绘制网络数据

set.seed(12252016)

ggnet2(network(blood$edge[,1:2],directed=TRUE), mode=’circle’, size=15,

 label=T, arrow.size=10, arrow.gap=0.05, vjust=0.5, node.color=’darkred’,

 label.color=’grey80’)

（2）基于geomnet绘制网络数据

set.seed(12252016)

ggplot(data=blood$edges, aes(from_id=from, to_id=to))+

 geom_net(colour=”darkred”, layout.alg=’circle’,

 size=15,labelon=TRUE, vjust=0.5, labelcolour=’grey80’,arrowsize=1.5,

 linewidth=0.5, arrowgap=0.05, ecolour=’grey40’, selfloops=TRUE,directed=T)+theme_net()

（3）基于ggnetwork绘制网络数据

set.seed(12252016)

ggplot(ggnetwork(network(blood$edges[,1:2]),layout=’circle’, arrow.gap=0.05),aes(x,y,xend=xend,yend=yend))+

 geom_edges(color=’grey50’, arrow=arrow(length=unit(10,’pt’),type=’closed’))+

 geom_nodes(size=15,color=’darkred’)+

 geom_nodetext(aes(label=vertex.names),color=’grey80’)+

 theme_blank()