2017年3月份,总计有316个R新包在CRAN正式发布。本文为摘选的部分R包及主要功能介绍,共分为五个类别:生物科学、数据、数据科学、统计及工具。其他包大家可以进入cran进行查看及使用。
一.生物科学
1. BioInstaller v0.0.3:提供了众多工具可以方便的安装和下载生物信息分析软件和数据资源,比如 NGS分析工具以及对应数据;
2. DSAIDE v0.4.0: 提供了一系列shiny apps,可以进行传染病传播的模拟与探索分析;
3. treespace v1.0.0:提供了一系列工具对系统进化树的分布特征进行探索、研究;
library(treespace)
data(woodmiceTrees)
wm.res <- treespace(woodmiceTrees,nf=3)
wm.groves <- findGroves(wm.res, nclust=6)
plotGrovesD3(wm.groves)
二. 数据
1. cropdatape v1.0.0: 支持从秘鲁农业部获取相关数据;
2. rdataretriever v1.0.0: 提供对数据访问命令行接口的R访问,该接口自动查找、下载和清理公共数据集的任务
3. rnaturalearth v0.1.0: 提供一系列函数获取自然地球图数据;
4. ropercenter v0.1.0: 提供给已注册用户便捷、可重复从 Roper Center for Public Opinion Research获取数据的接口,该研究中心存储了世界最大的公共评论数据;
5. statsgrokse v 0.1.4: 提供了数据接口,包括了2008年至2015年间的维基百科页面统计数据;
6. ukds v0.1.0: 支持可重复、程序化的从UK Data Service检索数据;
三.数据科学
1. anomalyDetection v0.1.1: 实现帮助检测网络日志异常的程序;
2. kerasR v0.4.1:提供了与Keras深度学习库的接口;
3. modeval v0.1.2: 支持用户便捷的对比使用caret相关函数建立的小规模数据集的多类别分类模型;
4. supc v0.1:实现了自更新过程聚类算法,该算法由Shiu and Chen最先提出;
5. tensorflow v0.7: 提供了R与TensorFlow的接口;
四. 统计
1. frailtyEM v0.5.4:提供了使用期望最大化算法拟合具有半参数基线风险的共享脆弱模型的函数;
2. FRK v0.1.1: 提供了一系列函数,建立,拟合和预测空间随机效应,使用大型数据集建立固定秩克里金模型;
3. hmi v0.6-3: 支持用户建立单级或多级估算模型,使用mice包或者MCMCglmm包提供的相关函数;
4. mlrMBO v1.0.0: 提供了一些列工具,针对贝叶斯方法、模型优化;
5. MonteCarlo v1.0.0: 提供了一系列函数,简化蒙特卡洛模拟学习;
6. RankingProject v0.1.1: 提供用于生成独立采样群体的图和表的函数;
五.工具
1. canvasXpress v1.5.2: 支持借助CanvasXpress进行可视化操作;
2. collapsibleTree v0.1.4: 提供一系列函数创建交互式的蒂尔福德树图;
3. cronR v0.3.0:支持在Unix/Linux系统环境下,操作T脚本;
4. doctr v0.2.0: 提供一系列工具,帮助检查数据集的一致性及其质量;
5. geojsonR v1.0.1:提供函数处理 GeoJson对象;
6. ggedit v0.2.1: 提供交互式图层和主题编辑工具,辅助ggplot2包的使用;
7. officer v0.1.0: 提供函数操作word文档和powerpoint文档;
8. flextable v.1.0: 包含了一系列函数,用于创建表格在word、powerpoint和html文件中;
9. pivottabler v0.1.0: 支持用户创建复杂的透视表;
10. Polychrome v0.8.2: 提供一系列工具,用于创建、显示和获取定性的调色板,拥有20~30种颜色;
library(Polychrome)
pal2 <- alphabet.colors(26)
rancurves(pal2)
11. reticulate v0.7:提供了针对python模块、函数的操作接口;
12. shinyWidgets v0.2.0:提供了一系列shiny apps输入控件
说明:本文由黄小伟翻译,欢迎大家交流指正!