一、初学入门
1.《R in Action》中文版 图灵程序设计丛书:R语言实战
2.《The Art of_R Programming》中文版 R语言编程艺术
3.《learning R》 中文版 图灵程序设计丛书:学习R
入门者可首选两本，前者从统计角度入手，分高中低三部分由浅入深的讲解了如何用R来实现统计分析，另外此书已经有中文版面世。后者从程序编写的角度入手，对R的本身特点进行了清晰的介绍。
二、统计进阶
1.《A Handbook of Statistical Analyses_Using_R》 pdf A Handbook of Statistical Analyses using R, Third Edition2.《Modern Applied Statistics With S》 pdf Modern Applied Statistics with S
这两本书基本上涵盖了统计的一些高阶内容，例如多元分析、多层回归模型、荟萃分析、生存分析等内容。案例丰富，公式不多，值得反复学习参考。
三、科学计算
1.《Introduction to Scientific Programming and Simulation Using R》 中文版 R语言应用系列:R语言的科学编程与仿真
除了统计分析外，此书独特之处在于使用R来做数值分析，如求根，最优化，数值积分。还包括了一些常见的模拟技术。书后的习题和最后的案例非常有用。该书的中文版据说还在翻译。
四、数据挖掘
1.《Data Mining with R Learning with Case Studies》 中文版 计算机科学丛书:数据挖掘与R语言2.《Machine Learning for Hackers》 中文版 机器学习:实用案例解析
两本侧重于数据挖掘的R书，全是以案例为线索，示范的代码量很大。跟一遍下来会有很大的收获。
3.《An Introduction to Statistical Learning: with Applications in R》 中文版：统计学习导论:基于R应用 这本书可以说是另一本数据挖掘大作4.《The Elements of Statistical Learning》 的R实现手册，体系结构基本一致，更强调用R来实现，更难得的地方是提供了很好的习题。
五、数据绘图
1.《ggplot2 Elegant Graphics for Data Analysis》 中文版：ggplot2:数据分析与图形艺术
ggplot2还有什么好说的呢，R中最优秀的绘图包，但由于近期该包升级很快，这书显得有些过时。好在中文版进行了大幅更新，即将面世。
2.《R Graphics Cookbook》
中文版：R数据可视化手册 这本书也是RStudio公司的人出的，似乎是Hadley的学生吧，主要是各种ggplot2包的例子，也包括了用其它包来画图，建议通读一遍。
六、参考手册
1.《R Cookbook》 中文版：R语言经典实例
##### 《R in a Nutshell》
中文版： R语言核心技术手册(第2版)
有时候我们需要类似词典的案头参考手册，以方便随时查阅。又或者可以通读一遍以查漏补缺。上面两本书虽然有些厚度，但仍然推荐之。后者的中文版也在翻译状态。
七、高级编程
1.《R Programming for Bioinformatics》2.《software for data analysis programming with R》
如果你是初学者，不要去看上面两本书。如果你想进阶为专家级R用户，那你需要精读它们。前者讲解了R少为人知的一面，例如字符处理、正则表达和XML，还有报错处理以及与其它语言的交互。后者更是编写生产级代码的圣经指南。
3.《Advanced R programming》
Hadley的力作，只是还没有写完，已经可以从这里看到部分（Welcome · Advanced R.），清楚的讲解了R的函数式编程思想和写R包的各种细节，要迈入R高手，不得不读。
